Esse custeio tem como objetivo financiar as despesas com aquisição de insumos, tratos culturais e colheita, aquisição de sementes/mudas de cooperante, recepção, secagem, debulha, pré-limpeza, classificação, tratamento, embalagem, identificação, análise de laboratório para controle de qualidade; armazenamento, fretes/carretos, impostos e taxas.
O Custeio de Sementes e Mudas destina-se aos produtores, cooperantes e cooperativas que trabalham diretamente na multiplicação das sementes, e no beneficiamento das colheitas.